03.02.2021 tarihli Resmî Gazete’de yayımlanan 7263 sayılı Kanun ile, Teknoloji Geliştirme Bölgelerinde yer alan girişimcilerin üzerindeki istihdam yükünün azaltılması için çalışanlara yönelik istisna uygulaması yeniden düzenlenerek, 31.12.2028 tarihine kadar, bölgede çalışan AR-GE, tasarım ve destek personelinin bu görevleri ile ilgili ücretleri üzerinden asgari geçim indirimi (AGİ) uygulandıktan sonra hesaplanan gelir vergisinin, verilecek muhtasar beyanname üzerinden tahakkuk eden vergiden indirilmek suretiyle terkin edileceği hükme bağlanmıştı.

Buna göre, Teknoloji Geliştirme Bölgesinde çalışan AR-GE tasarım ve destek personellerinin bu görevleri ile ilgili ücretlerine yönelik olan tanınan gelir vergisi istisnası kaldırılarak, bunun yerine hesaplanan gelir vergisinin terkini yönetimine geçildiğinden; net ücret sistemine göre çalıştırılan sigortalıların brüt ücretleri (prime esas kazançları) hesaplanırken gelir vergisi ile damga vergisinin dikkate alınması gerekmektedir.

Bu doğrultuda 2020/20 sayılı İşveren İşlemleri Genelgesinin "9-5746 sayılı Araştırma ve Geliştirme Faaliyetlerinin Desteklenmesi Hakkında Kanun ile 4691 sayılı Teknoloji Geliştirme Bölgeleri Kanunun Desteklenmesi Hakkında Kanun Uyarınca Net Ücret Alan Sigortalıların Prime Esas Kazancının Hesaplanması" başlıklı kısmında değişiklik yapılarak, 5746 sayılı Kanun kapsamında net ücret sistemine göre çalıştırılan Ar-Ge, tasarım ve destek personelinin brüt ücretlerinin hesaplama şeklinin 4691 sayılı Kanun kapsamındaki Ar-Ge tasarım ve destek personeli bakımından da uygulanacağı açıklanmıştır.

4691 sayılı Kanun kapsamında Ar-Ge tasarım ve destek personeli için gelir vergisi istisnası uygulanmadığından, net ücret sistemine göre çalıştırılan sigortalıların brüt ücretleri (prime esas kazançları) hesaplanırken gelir vergisi ve damga vergisi dikkate alınacaktır. Dolayısıyla, bu kapsamdaki sigortalının brüt ücreti hesaplanırken;

Brüt Ücret: Net Ücret + Sosyal Sigorta Primi (İşçi payı) + İşsizlik Sigortası Primi (İşçi Payı) + Gelir Vergisi + Damga Vergisi

formülü esas alınacaktır.